然而传奇也有结束的时候。在2000年悉尼奥运会上，面对霍根班德、索普这些年青选手的挑战，波波夫只拿到了男子100米自由泳银牌、50米自由泳第6名的成绩。
时隔四年，32岁的波波夫再次出现在了雅典的奥运赛场上，但是这一次他输得更惨。在18日100米自由泳半决赛上，波波夫的成绩是49秒23，在两个小组全部16名运动中排名第9，没有进入决赛。在随后的50米自由泳比赛中，这位世界纪录和奥运会纪录保持者，更是连半决赛都没有进入。在4×100米自由泳接力和4×100米混合泳接力的比赛中，由他领衔的俄罗斯队也都只获得了第四名的成绩。在这最后一届奥运会上，昔日的泳坛霸主颗粒未收。
波波夫的时代也许已经终结了。“也许我已经不再强壮如昔，但看到那五环，我就觉得自己是最荣耀的那一个。所以雅典，我仍旧要去。”波波夫赛前的这一番话，现在看来更让人为英雄的迟暮而扼腕。
波波夫曾说过，他在体育界的偶像是乌克兰撑竿跳高运动员布勃卡，“因为他能站在世界巅峰那么长的时间”，也因为他能准确地定位自己。而如今的波波夫也需要给自己一个准确的定位了。在参加完属于他的最后一届奥运会之后，波波夫将全身心投入俄游泳协会副主席的工作中，俄罗斯人希望在他这面具有传奇意义的旗帜的带领下，俄罗斯游泳可以重振雄风。
