奥运会经过108年后回到奥林匹克运动的发源地雅典，但处在这一历史与现实交汇点上的奥运会，正在偏离最初的奥林匹克理想和价值观，拜金主义导致的腐败和使用兴奋剂进行欺骗的行为，已成为国际奥委会所必须面对的两大挑战。
就在雅典奥运会将要拉开大幕时，英国广播公司（BBC）披露了2012年奥运会申办过程中可能存在“金钱换选票”交易的报道，这是美国盐湖城冬奥会申办丑闻以来又一起对国际奥委会的指控。也是在本届奥运会之前，一种被设计出来的新型类固醇药THG终于曝光，包括男子百米世界纪录保持者蒙哥马利和欧洲百米飞人钱伯斯等世界级名将纷纷陷入THG的漩涡。科学家担心，也许还有HGT或TGH等禁药藏在黑暗的角落不为人所知。
曾是整形外科医生的罗格自2001年出任国际奥委会主席以来，已对奥林匹克运动的肮脏角落进行了清理，比如在反腐败方面严格禁止委员和申办城市互访，加强对申奥城市宣传活动的监管，在问题委员出现时以更快和更坚决的方式进行处理。
在反禁药方面，以国际奥委会为首的多个机构1999年11月成立了世界反兴奋剂机构，第二年在哥本哈根召开世界反兴奋剂大会，通过了《世界反兴奋剂条例》，并建立了反兴奋剂的强大统一战线。另外，加大科研力度，EPO（促红细胞生成素）血检已取得成功，并已能检测HGH（生长激素）。世界反兴奋剂机构主席庞德12日在雅典已证实，雅典奥运会将进行针对HGH这一兴奋剂的检测。
但是，反腐败与反禁药的斗争依然任重而道远。国际奥委会主席罗格已表示，在他领导下的国际奥委会将对任何腐败或使用兴奋剂行为采取“丝毫不姑息”的态度。正如何振梁曾经指出，这将是“一场长期正与邪的斗争”。
